Zavod upravlja svet, ki ima 5 članov. Svet sestavljajo:
1 predstavnik delavcev CEZAM-a,
3 predstavniki ustanovitelja,
1 predstavnik uporabnikov oz. zainteresirane javnosti.
Člani sveta zavoda:
Mojca Jančar, predsednica
Robert Leva, član
Danilo Švikart, član
Vesna Glavendekić, članica